Обьясню максимально просто и без изысков. Использую Фотошоп CS3.

1. Открываем текстуру.
2. Открываем вкладку каналы. Если ничего не меняли то справа, в том же окне что и слои. Если меняли открываем window-channels.
3. Нажимаем кнопку создать канал (Прямоугольник с завернутым углом)
4. Чтобы увидеть рисунок жмем  на пункт слева от самого  верхнего  канала.
5. Теперь рисуем прозрачность. Чем темнее, тем прозрачнее. Соответственно черный- ничего не видно, белый- полностью непрозрачно.
6. Теперь сохраняем рисунок как TGA 32 bits/pixel

Всё